Personální obsazení a kontakty
 |
Ing. Jan Urban, Ph.D.
vedoucí laboratoře, akademický pracovník
+420 38777 3842 +420 777 729 584
|
Životopis CS Životopis EN Publikace |
|
 |
Ing. Petr Císař, Ph.D.
zástupce vedoucího, akademický pracovník
+420 38777 3802
|
Životopis CS Životopis EN Publikace |
|
 |
doc. Ing. Štěpán Papáček Ph.D.
akademický pracovník
+420 38777 3828
|
Životopis CS Životopis EN Publikace |
|
 |
Mgr. Mohammadmehdi Saberioon, Ph.D.
vědecký pracovník
+420 38777 3808
|
||
 |
Mgr. Pavla Urbanová
doktorandka
+420 38777 3842
|
||
 |
MSc. Vladyslav Bozhynov
doktorand
+420 38777 3808
|
||
 |
MSc. Dinara Bekkozhayeva
doktorandka
+420 38777 3808
|
||
 |
MSc. Oleksandr Movchan
doktorand
+420 38777 3808
|
||
 |
MSc. Hassan Nazari
doktorand
+420 38777 3808
|
||
 |
MSc. Ievgen Koliada
doktorand
+420 38777 3808
|
||
 |
Ing. Pavel Souček
technik
+420 38777 3825
|
Laboratoř se zabývá zpracováním a analýzou diskretizovaného signálu a obrazu, především z biologických (biochemických, biofyzikálních) měření. V popředí zájmu stojí hmotnostní spektrometrie, v tandemu s kapalinovou nebo plynovou chromatografií, mikroskopická měření včetně fluorescence a fázového kontrastu. Nedílnou součástí je popis vlastního měřícího procesu z hlediska teorie měření, reprezentace základních atributů měření, a datových formátů. Laboratoř zajišťuje servisní činnost jednoúčelových úloh, implementaci zakázkových řešení a spolupráci s ostatními laboratořemi Ústavu komplexních systémů.
Klíčové aktivity:
- konverze datových formátu
- transformace barevných prostorů
- kalibrace digitálních fotoaparátu a kamer
- segmentace obrazu
- operace matematické morfologie
- filtrování šumu
- vyhodnocení změn barevnosti
- vývoj systémů na zachycení pohybujících se objektů
| Projekty: |
Hmotnostní spektrometrie:
Dlouhodobý projekt zaštiťující celý tok informací ze samotného měření a informací a znalostí ze získávání dat. Skládá se ze zpracování a analýzy měření z hmotnostní spektrometrie, vývoje, testování a zavádění metod z umělé inteligence.
Projekt nabízí: - Řešení pro matematický popis modelu, datového souboru, v souladu s teorií měření
- Jednoznačná definice základních pojmů jako je rozlišení, rozlišitelnost, odlišitelnost a přesnost
- Nový přístup k chemické filtraci šumu na základě teorie pravděpodobnosti a digitálního sběru dat
- Dekonvoluce hmotnostních vrcholů a dekompozice chromatografických vrcholů
- Časová korekce, podobnost metriky a faktory spolehlivosti.
Tento projekt byl proveden prostřednictvím spolupráce s Nofima, Norský výzkumný ústav pro výživu, rybolov a akvakulturu a Mikrobiologický ústav AV ČR.
BioWes:
Projekt je zaměřen na vytvoření systému pro management experimentálních dat a metadat. Jedná se o komplexní řešení od návrhu protokolu experimentu, přes realizaci experimentu až po sdílení a vyhledávání dat
Základní funkcionalita systému: - Lokální úložiště dat – data + metadata
- Podpora libovolného formátu dat
- Elektronický protokol experimentu – znovu využitelnost
- Přímé propojení experimentálních dat a popisu experimentu
- Podpora standardizací (Bioportal)
- Automatické získávání dat o nastavení přístrojů
- Jednoduchý systém sdílení
- Vyhledávání v metadatech experimentů
- Specializované zásuvné moduly pro zpracování specifických dat
Testovací verze systému je dostupná na stránkách projektu www.biowes.org
Tento projekt byl proveden prostřednictvím spolupráce s DataPartner, Videňskou univerzitou a Aquaexcel konsorcia.
Biomonitoring
Tento projekt je zaměřen na sledování kvality vody na základě ryb a raků a vývoje systémů pro zachycení pohybujících se rybích hejn a jejich analýzu:
- monitoring srdeční činnosti raků
- sledování pohybu rybích hejn a raků.
- Záznam 24h/den.
Tento projekt byl proveden prostřednictvím spolupráce s Nofima, Norský výzkumný ústav pro výživu, rybolov a akvakulturu, Jihočeské výzkumné centrum akvakultury a biodiversity hydrocenóz, Laboratoř etologie ryb a raků, FROV, Jihočeská univerzita a konsorcia Aquaexcel.
 |
 |
 |
Zpracování obrazu
Široká doplňková dílčí témata v rámci řešení úloh zpracování a analýzy obrazu jsou:
- Ryby a mořští koníci – vyhodnocení změny barvy.
- Segmentace obrázků z fluorescenční mikroskopie.
- Subtraktivní zobrazování v konfokální fluorescenční mikroskopii.
- Registrace obrazu.
Tento projekt byl proveden za spolupráce s Vídeňskou univerzitou, Mikrobiologickým Institutem ASCR, Univerzity Las Palmas, a Ústavem komplexních systémů.
 |
 |
 |
 |
Digitální kalibrace
Tento dlouhodobý menší projekt je zaměřen na testování a kalibraci digitálních zařízení:
- Barevná reprezentace.
- Rozlišení, rozlišitelnost, odlišitelnost.
- Hloubka bitu, vzorkování, kvantování.
- Formátování obrazu.
 |
